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单细胞测序VDJ分析的原理篇
来源:大分子生物 | 作者:Neoline | 发布时间: 2021-06-07 | 6113 次浏览 | 分享到:
根据单细胞免疫组库测序独特的V(D)J数据,通过精确匹配,把拥有完全相同的有效CDR3 核酸序列的Cell barcodes组合 在一起,称为克隆型。单细胞 免疫组库测序可以分析CDR3 克隆型及每个克隆型包含细胞的数目 。

  一、VDJ的功能:抗原识别

  


  1. FAB段识别结合抗原(通过V区)

  2. FC段结合位点与表面具有Fc受体的细胞结合,发挥调理吞噬、粘附、介导ADCC及超敏反应等

  二、VDJ的识别检测分析

  VDJ高度可变,每种免疫细胞分泌的都不一样,如何在复杂的免疫细胞检测得到特定的VDJ序列?

  2.1 TCR和BCR结构

  


  1. 大部分TCR是由α和β链组成,小部分为γδ链。C区恒定区,V区可变区识别抗原

  2. BCR由一条重链和一条轻链所组成,均包含 一个恒定区(C区),一个可变区(V区)。其中重链还包含跨膜区和胞质区。

  3. V区特异性识别抗原

  4. C区恒定区可作为识别vdj的目标区域,VDJ测序的基础。

  三.单细胞免疫组库

  


  1.通过特异性富集提取T/B细胞TCR/BCR区域RNA,通过对比,筛选,注释等构建免疫组库,分析得到 TCR/BCR多样性序列,从而获得机体免疫特征。

  四、 免疫细胞克隆型

  根据单细胞免疫组库测序独特的V(D)J数据,通过精确匹配,把拥有完全相同的有效CDR3核酸序列的Cell barcodes组合在一起,称为克隆型。单细胞免疫组库测序可以分析CDR3克隆型及每个克隆型包含细胞的数目 。

  


  五、技术应用领域:

  


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