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单细胞转录组研究--如何在慢性白血病上开展单细胞转录组分析?
来源: | 作者:Neoline | 发布时间: 2021-04-15 | 1808 次浏览 | 分享到:
由于测序技术的飞速进展,单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术能够揭示肿瘤微环境在疾病进展和耐药性中的作用,它可以分析单个细胞内的转录体,促进在时间和空间上复杂的细胞群克隆异质性的研宄。

  一、什么是慢性白血病?

  慢性白血病是一组起病较隐匿、病程进展缓慢、外周血和(或)骨髓出现幼稚细胞增多但分化相对较好的血液系统恶性疾病。自然病程较急性白血病长,白血病细胞有一定的分化成熟能力,骨髓及外周血以异常的较成熟细胞为主。

  二、单细胞转录组测序的优势

  由于测序技术的飞速进展,单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术能够揭示肿瘤微环境在疾病进展和耐药性中的作用,它可以分析单个细胞内的转录体,促进在时间和空间上复杂的细胞群克隆异质性的研宄。

  三、如何在慢性白血病上开展单细胞转录组分析?

  1、外周血单核细胞(PBMC)单细胞悬液制备

  1.1试剂准备:

  细胞重悬液(10%FBS的IMDM);2X细胞冻存液(30%DMSO,40%FBS的IMDM)。

  1.2取3ml的Histopaque-1077分离液,放入淋巴细胞分离管中的底部。

  1.3吸3ml全血,在离分层液面上1cm处,沿试管壁徐徐加入,使血液置于分层液上,保持两者界面清晰。2400rpm(1000g)室温离心10min。

试剂准备


  PBMC分离示意图

  1.4离心后,先吸取最上层的血浆至新的EP管中,可用于cfDNA提取,然后用另一只毛细吸管(或1ml注射器)收集血浆和淋巴细胞分离液交界面的单核细胞层,尽量全部吸出PBMC,避免吸到过多的分层液和血浆(见示意图)。

  1.5再次2400rpm,离心3min后,弃上清,加入500ul DPBS混匀至15ml离心管中,加入1.5ml红细胞裂解试剂,混匀,室温放置9min以上,对于溶血的样本,裂红9min时间不够,1000rpm离心3min。

  1.6吸弃上清,加入500ul 1XDPBS(洗液)清洗细胞两次,混匀,依次以1500r/min、1000r/min离心10min,吸弃上清。

  1.7 10ml外周血中约含有5-10*106个PBMC,按照5-10*106cells/0.5ml=104cells/ul。加入500ul的细胞重悬液,重悬PBMC,转移至新的低吸附EP管中,取2ul细胞悬液+8ul细胞重悬液,加10ul 0.4%台盼兰染液,3-5分钟后取样进行细胞计数。以1000rpm,4度离心10分钟。

  1.8离心之后加入所需的细胞冻存液,放置于冰上。取需要用的冻存管,放于冰上。

  1.9加入预冷的2X细胞冻存液,混匀,终浓度为10*106cells/ul。

  1.10取1ml悬液放于1支冻存管中,使得10*106cells/支。放于预冷的冻存盒中,将冻存盒放于-80冰箱至少4h,4h后,放于液氮中保存。

  2、细胞复苏及细胞活性测定。

  2.1准备:37℃水浴锅预热,预热10%FBS的IMDM,0.04%BSA(400ug/ml),1XPBS生长培养基。

  2.2将细胞冻存管放于37℃水浴锅中2-3min,不要让水面完全没过冻存管,当还有一点冰时,取出,用70%酒精消毒整个冻存管。

  2.3将冻存管的细胞转移到50ml离心管中,加入1ml预热好的生长培养基,边滴边振荡。

  2.4等体积,连续稀释5次,每次间隔1min,最终体积为10ml。

  2.5移除上清至另一离心管中,用普通枪头重悬细胞。备注:保留上清至实验结束。

  2.6 加1ml生长培养基,轻柔吹打混匀。

  2.7取10ul细胞悬液加10ul 0.4%台盼兰染液,3-5分钟后取样进行细胞计数,细胞活性要求大于80%,最好在90%。

  3、在单细胞平台上分选细胞、转录组文库构建及单细胞测序。

  四、血液样本的保存及寄送

  1、一般建议自己在用EDTA紫色抗凝管采集全血后立即分离PBMC,然后当场上机。

  2、若是要进行寄送,请用EDTA紫色抗凝管抽取全血后,立即送往公司,时间不能够超过12个小时,运输时温度控制在2-8℃。

  注意:直接寄送全血,后期在分离PBMC会遇到很多问题,即便是分离成功结团率细胞活性也会偏低,不利于后期的数据分析。

  3、若是不能够在12小时内寄达公司也不能当场上机的话,请老师自行分离PBMC后,采取梯度降温冷冻的方式———4℃ → -20℃ → -80℃梯度降温冻存细胞。保存条件-80℃,干冰寄送。寄往公司后会在37℃恒温水浴锅中复苏,进行后续实验。

  小科普

  采血管的区分:

采血管的区分

  1.蓝色头盖管(含有柠檬酸钠抗凝剂的采血管)

  2.黑色头盖管(含有0.109mol/L柠檬酸钠)

  3.紫色头盖管(含有乙二胺四乙酸以及其盐的采血管)-常用

  4.绿色头盖管(肝素抗凝管) 

  5.灰色头盖管(含有草酸钾/氟化钠) 

  6.橘红色头盖管(促凝管) 

  7.金黄色头盖管(含有惰性分离胶及促凝剂的采血管)

  8.红色头盖管(无添加剂的干燥真空管)

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